עשיית מצוות שלא לשמה

פשוט מאד.
הלומד (או מקיים) על מנת לקנטר – נוח שלא נברא ותורתו נעשית לו סם המוות.
הלומד (או מקיים) לשם כבוד וכד' – מתוך שלא לשמה בא לשמה
הלומד (או מקיים) לשמה – זוהי הדרגה הגבוהה עליה כתב אנטיגנוס איש שוכו בפרקי אבות פרק א משנה ג
עיין בפירוש המשניות לרמב"ם בהקדמה לפרק "חלק" מסכת סנהדרין.

אני התכוונתי ליהודי שמקיים את המצוות לא כי ה' ציווה, אלא מכל סיבה אחרת. גם אם לא מאמין בקב"ה.
אחדד. אדם המנהל חיים מוסריים לא בגלל שהוא מוסרי, אלא מכל סיבה אחרת, עדיף על פני אדם שמנהל חיים לא מוסריים, כי יש משמעות למעשים מוסריים, מעבר לכוונות.
האם זה נכון גם לגבי יהודי המקיים מצוות? האם יש משהו טוב בזה שאני מניח תפילין, מעצם זה שצוותי וקיימתי?

אם הוא לא מאמין אז לדעתי אין למעשיו ערך דתי. יש אולי ערך בשמירת המסגרת או בכך שאולי ילדיו יקיימו מצוות באמת. מעשיו מצד עצמם חסרי ערך. כך הוא ברמב"ם סופ"ח מהל' מלכים.