תפילה על נס

אני מבין שהבעיה שלך עם סוגיית התפילה, והמשמעויות שלה למעורבות ה' בעולם, נובעת בראש ובראשונה מהנחה מסוימת: חז"ל אוסרים להתפלל על מה שכבר קרה, כי זו "תפילת שווא". אתה נוטה להבין את המושג "שווא" לא כאיסור הלכתי, אלא כהערכה עובדתית – כלומר, תפילה כזו פשוט אינה תועיל. במילים אחרות, אין כאן איסור נורמטיבי בהלכות תפילה, אלא אמירה על כך שהקב"ה לא מתערב במקרים אלו.
כאן כבר אני רוצה להעיר על ההנחה הזו: הרי בעצמך כתבת כי אין ספק שהקב"ה יכול להתערב בטבע, שכן הוא ברא את חוקי הטבע וגם יכול להקפיאם או לחרוג מהם. נוסף לכך, אתה לא שולל התערבות ניסית שלו בעבר, וכן לא שולל התערבות ספורדית גם בהווה. 
אז למה שלא נאמר כך: טכנית הקב"ה בהחלט יכול להתערב, אך בנושא התפילה ישנו גבול שנקבע. גבול זה או שהוא הלכתי־נורמטיבי בהלכות תפילה, או שאכן אפשרי לפרש את המילה "שווא" יותר בכיוון שלך, שזוהי אמירה עובדתית – שהתפילה פשוט לא תועיל. אלא שהכוונה היא: לא תועיל משום שחז"ל הבינו תיאולוגית שהקב"ה אולי לא ירצה להתערב או שלא רוצה שיפנו אליו שיתערב בטבע במקרה כזה. אבל ודאי שאין לפרש "שווא" כאילו הקב"ה ככלל אינו יכול להתערב, שהרי כבר הנחנו שמי שברא את חוקי הטבע מסוגל גם לשנותם.
לאחר קבלת ההנחה הזו, שאר הבעיות כבר אינן מהותיות. חז"ל אכן אוסרים להתפלל על נס, ואתה צודק שהמציאות הדטרמיניסטית של חוקי הטבע הופכת כל התערבות בטבע לנס בהגדרה. יחד עם זאת, מאחר שלקב"ה היכולת לעשות ניסים, ולהתערב במציאות הדטרמניסטית, הנושא המרכזי הוא להגדיר מתי הוא יעשה את זה ומתי לא וזאת בדיוק מה שעשו חז"ל: הם קבעו גבולות הלכתיים או אמרו תובנות תיאולוגיות למתי תפילה יכולה להשפיע, כי הוא אולי יתערב ויושיע. בעניין של 40 יום להולדת ילד – מדובר בגבול שבו לפי חז"ל יש מקום להתפלל, ואחריו לא.
כדי להסביר את ההבדל בין קודם ל-40 יום ולבין לאחר מכן, אפשר להשתמש במושג שהבאת בהלכות שבת לגבי "ספק פסואדו-אונטי". 
נאמר בשיעורים שלך בהלכות שבת, שלכאורה גם בספסל כמו בתיבת זבובים ניתן לחשב סטטיסטית את הסיכויים לחריץ, ומדוע לחלק ביניהם ביחס לספק אונטי מול ספק אפיסטמי? אלא שצ"ל, שביחס לחריץ, להדיוט עקב החישובים הסטטיסטים המורכבים, זה נראה כאילו יש ספק, ולכן זה הלכתית נחשב "ספק במציאות", ולהגדרתך, "ספק פסאודו-אונטי".
באופן דומה, נאמר כאן, שלפני 40 יום להזרעת הולד (ובידע המדעי שלנו: רגע ההזרעה),  זה מצב שמציאותית כביכול לא ניתן לראות אלא בחישובים סטטיסטים מורכבים – ולכן זהו "ספק פסאודו אונטי" שמאפשר תפילה. 
רוצה לומר, העניין של מתי אפשר להתפלל, זה גדר הלכתי שנקבע לפי האדם (הקב"ה בכל מקרה יכול לשנות את הטבע), וגדר זה נקבע לפי היכולת שלו לאבחן מבחינתו מצבים של "פער" וספק. ומכיון שמבחינת האדם חסר היכולת לחישובים סטטיסטים, יש פה עדיין "כמה אפשרויות" – מותר לו להתפלל. למרות שמהותית זה נס (שהקב"ה יכול לעשות).
אחרי 40 יום, המצב נתפס כוודאי, ולכן אסור להתפלל.
אכן כמו שכתבת, ההבדל בין 40 יום קודם לאחרי, אינו עניין של נס נסתר מול נס גלוי, כי לחז"ל לא היה אולטרסאונט, וגם אחרי 40 עדיין ביחס לאפשרות החושית – בזמנם – העניין נחשב "נסתר'. 
אבל הגדר הוא לא בהתסכלות החושית, אלא עוסק במה אנחנו "רואים" ברמת הידע האינטלקטואלי שנצבר לנו, לגבי הרגע שבו זה עובר ממצב של ספק אונטי לספק פסואדו-אונטי.
בזמן חז"ל, במגבלות הידע שלהם: 40 יום לולד, זה הזמן שבו עברנו ממצב של ספק פסאודו אונטי, כי "גלוי" לנו – לפי הידע המדעי שיש כמה אפשרויות. למצב של ספק אונטי – שגם בעינינו בני האדם, המציאות נקבעה כבר.
ובזמנינו, אותו רעיון רק ביחס לרגע ההזרעה.
עניין שצריך אולי לפתור, מדוע חז"ל הגדירו זאת תפילה על "נס", בניגוד לקודם 40 יום שמהותית הוא גם נס?
זו כבר שאלה סמנטית,
 ואולי כפי שנכתב, המושג "נס" כלפי תפילה לא מתייחס לקב"ה ויכולתיו, כי הוא יכול הכל, אלא כלפינו, להגדיר לנו מתי לנו זה נתפס לנו כבני אדם כמו שינוי בטבע, וזה במציאות של ספק אונטי, אחרי 40 יום – ואסור להתפלל. ולפני 40 יום – מותר.
מסקנה: כל תפילה מהותית היא תפילה על הנס. הקב"ה יכול לעשות ניסים. והוא אכן עושה אותם. חז"ל למדונו שהוא עושה אותם או רוצה שנפנה אליו שיעשה אותם בפועל, רק במקרה שלנו – בני האדם המוגבלים – נראה המצב כביכול כעמימות (למרות שהוא לא, כי הכל דטרמניסטי). כלומר, הקב"ה מתערב בעולם, יש למה לפנות אליו שישנה את המציאות הדטרמיניסטית, אם כי בסייגים מסוימים.