גמרא קוהרנטית

שלום הרב
אני לא מצליח להבין איך כל אדם לא משנה אם הוא רב, יכול לפסוק הלכה מהגמרא. יש לי שתי בעיות עם העניין הזה.
הבעיה הראשונה היא עקרונית. לפי הבנתי הגמרא היא רצף של אמירות מבית המדרש שנכתבו על הדף. אם ככה, יכול להיות שלכל אמורא היה הסבר משלו לכל המשניות, אבל הגמרא עצמה היא ודאי לא קוהרנטית עם עצמה. כלומר, הדרך היחידה לפסוק הלכה מהגמרא לא יכולה להיות בצורה שאני פוסק כל פעם כמו אמורא אחר, כי אז יכול להיות שההלכה תסתור את עצמה.
והבעיה השנייה, היא בעיה פרקטית. כאשר אדם פוסק הלכה, אין לו דף מקורות שאומר לו מאיזה גמרות עליו לפסוק את ההלכה. במילים אחרות, האדם חייב ללמוד את כל הש"ס בעל פה ואז לעבור על כל הסוגיות בראש ולחשוב איזו סוגיות קשורות להלכה שהוא רוצה למצוא. פרקטית זה נראה בלתי אפשרי. האדם הפשוט ודאי לא יכול לעשות את זה, וצריך להיות גאון ברמה קיצונית עם הרבה מאוד זמן לשבת וללמוד כדי ליצור הלכות כאלה.
עם זאת, זה נראה שיש הרבה אנשים שסומכים על רבנים כמו השולחן ערוך או הרמב"ם בקביעה ההלכתית שלהם, בלי שום בסיס שמא יש סוגיות מגמרא שהם בטעות לא הביאו.
 
האם לא יותר הגיוני להגיד שהגמרא לא מסתדרת עם עצמה וכל סוגייה בגמרא עומדת שלעצמה? לפי זה כמובן, כאשר האדם בא לפסוק לעצמו הלכה מגמרא מסוימת יכול להיות שהוא לא יסתדר עם גמרא אחרת, אבל לפחות תהיה לו הלכה ביד ולא חשש גדול שמא הוא שכח להביא בחשבון סוגייה כלשהי.