שאלות באמונה טיעון העד

שלום לכבוד הרב שליט\'\'א,
גילתי לא מזמן שחברי לחדר בישיבה מגדיר את עצמו כאגונסטיקן. לי נראה שהוא נכווה וכבוי בעקבות שאלות האתאיסטים ובפרט האתאיסטים דרך האינטרנט. הוא סיפר לי שהרב בישיבה ביקש ממנו לא לחשוב על השאלות הללו במשך החודשיים הקרובים. אבל אני בכל אופן שאלתי אותו על הסיבות שלו…
ההתקפה שהוא מוצא כנגד טיעון העד היא בערך כזאת; מעניין אותי לשמוע מה הרב חושב עליה.
דבר ידוע ומפורסם שלכל עם פעם הייתה מיתולוגיה ומיתוסים משלו.
כמובן חשוב לזכור שהתורה נכתבה רק בתקופה מאוחרת. כך שלמעשה ספר התורה שבזממנו הוא משקף קובץ ערוך של המיתולוגיות שהסתובבו בעם.
בעקבות כך, שספר המיתולוגיה (=התורה) התקבל לאורך הזמן אצל היהודים. לאורך כך, גם מה שכתוב בתורה נחשב גם כהיסטוריה. זאת אומרת, שלאורך השנים נוצר טשטוש בין ההיסטוריה למיתולוגיה.
כמו כן, הוא טוען שהתורה היא מאוד מיתולוגית ובהרבה מיתולוגיות קיימים סיפורי התגלויות ואלים. הוא טוען שאתר חופש מביא אותם באריכות.
לי נראה, שיש כאן כמה הנחות בשאלה שלא ברור שהם נכונות.
א. הוא מבדיל בין מיתולוגיות להיסטוריה בכך שהעמים פעם לא חשבו שהמיתולוגיה שלהם היא אמת. אלא אגדתא בעלמא. (כי אם הם כן סברו שזו אמת אז לא מתחילה השאלה מעיקרא).
ב. שהתורה בנויה כמו ספרי המיתולוגיה בזמנם. 
—
אני טענתי לו שאני לא בטוח בהנחות הללו ולפי ידיעותיי אין למשל סיפורי התגלות במרבית מן המיתולוגיות, אך הוא טוען שבאתרי האתאיסטים מביאים המון מיתולוגיות עם התגלויות.
בכל אופן, בגדול הטענה שלי שפרשנות שכזאת נשמעת מוזרה ומורכבת מידייי. לא ידעתי לענות למה זה לא נכון פרט לכך שזה פשוט נשמע לא סביר +מורכב אין לכך בכלל איזכורים וכו\' אז אם כך למה להוציא את העדות מפשוטה.
מוציאים את עדות מסוג נאמן מפשוטו רק אם אנו לא מניחים שיכולות להיות ניסים והתהגלויות, אך למה להניח כן?!
מעניין מה הרב חושב על הנושא ועל הטענה שלו?