היסטוריה וביקרות המקרא

שלום וברכה.
קראתי את המחברת החמישית, ואני מסוגל לקבל את התורה כטקסט מחייב, אבל! יש לי משהו לכתוב:
הרב, כיום באקדמיה כבר ידוע לנו שהתורה שבעל פה היא פיתוח של הזרם הפרושי בימיי בית שני (עם שילוב של מסורות עתיקות יותר). הזרם הפרושי בעיקר קיבל את האהדה שלו מהעם כי הוא היה קרוב יותר סוציו-אקונומית אליהם, והמנהיגים התנהגו כמו פוליטיקאים טובים בהסכם על שלומציון המלכה. ובמיוחד לאחר החורבן עם הנהגה רציפה, וכו.. הנקודה היא שאפשר להסביר את הנפוצות של התושב"ע בקלות.
ובנוסף לכך, גם התורה שבעל פה בעצמה איננה ממש סגורה על עצמה, אתן לדוגמא את התפילין:
קודם, הרמב"ם כותב שיש עשרה דברים בתפילין שהם הלכה למשה מסיני (כמו צבען או היותן מרובעות וכדומה).
אבל אם אני מעיין במקורות חזל אני רואה שהמסורת לא ממש רציפה. כתוב דברים כמו אדם שהכין תפילין מעוגלות, או אדם שממש ציפה את התפילין בזהב – מה נסגר?
כמובן שיש עוד מקרים כמו הנחת התפילין במקום הלא נכון וכדומה.
לאחר מכן יש גם ויכוח בין רש"י לרבנו תם על התפילין – איך יש ויכוח על משהו שמבוסס לחלוטין על מסורת? וזה שהם סבא ונכד זה בכלל.. ולמה נזכרתם כ2000 שנה אחר מתן תורה לדבר על זה?!
כמובן שיש עוד נושאים שנמצאים ממש בתוך המקרא (השערת התעודות, סתירות וכדו.), אבל לא אכנס לזה כי נראה שדיברת על זה כבר קודם.
אחלק את השאלה שלי לשתיים:
1. האם מסקנות האקדמיה סותרות את האמונה בהכרח כך שהסבירות של היהדות תרד?
2. האם ייתכן שהתושב"ע פשוט איננה מסיני?
לגבי 2 חיפשתי לכך תשובות, כמו של שד"ל שאומר שמטרת התורה שבעל פה היא להתאמת ההלכה לזמן בלבד.
אפרט: לפיו, יש חלק במשנה ובגמרא שעברו במסורת מסיני, אבל רוב ההלכות הן פיתוח של חכמים – משמע, ייתכן שהמון ממה שאנחנו מבצעים כיום הוא בכלל רצון אדם ולא מסורה מדור לדור עד אלוהים.
זה יחד עם הפערים במצוות (בין הכתובות בתורה לבין האורליות) ויחד עם המסורת העקומה והלא רציפה לא מצליח לשכנע אותי.
אשמח לעזרה בביהור הדברים – תודה מראש!