התועבה במסית ומדיח/עיר הנידחת

כתבת כמה פעמים שאדם שהגיע במסקנתו למסקנה שצריך להאמין באמונה אחרת, או לכפור, אנוס הוא ואין עליו טענות, ואדרבה רצון בורא העולם הוא שיעשה כהבנתו ולא כפי 'האמת האמיתית' שהיא [לטענת היהדות] קיום תורתינו.
שאלתי א"כ, היאך אתה מסביר את פרשת מסית ומדיח, הרי מן הסתם אם הוא סבור שיש לעבוד אלוהים אחרים הוא מאמין בזה, ואף משכנע אחרים לזה, ולמה התורה נותנת לו עונש חמור שכזה, וכי לא אמור לעשות זאת? וכן עיר הנידחת שהתורה קוראת לזה 'תועבה' מה בדיוק התועבה אם ככה הם סבורים?
אפשר לפרש שכל אלו שעבדו ע"ז פעם היו בטוחים באמיתתה של התורה ואעפ"כ נהגו והורו להיפך, מחמת היצר שהשתלט עליהם [דחוק, שבוודאי היו כאלו שהשתכנעו בנכונות אלהות אחרת], ולפי זה המשכילים לדוגמא, ששכנעו המונים לעזוב את הדת, לא עשו כל רע, כיון שהיו סבורים באמת ובתמים בצדקתם. 
אשמח לדעתך