האם הלכה גוברת באמת בפרקטיקה על מוסר?

אני יודע שהרב דיבר רבות על היחס בין הלכה ומוסר. שורה תחתונה בקונפליקטים שבהם ההלכה מורה בפירוש נגד המוסר, היא תגבר (לפי מה שהבנתי). אבל אני רוצה לדבר מעשית, האם הרב היה מסכים שיוציאו להורג אדם על חילול שבת?  משכב זכר? או כל הלכה שנוגדת לגמרי את המוסר המצפוני שלנו בהנחה שאין לנו הסבר פרשני שמציל אותנו מלעשות כך? אני באמת לא תופס את זה. אלו סוג הדברים שתמיד גורמים לי לסלידה אמיתית, ואני יודע שזה לא שיקול אלא סתם שיתוף חווית התסכול שאני לא רואה לה מוצא. 
הטיעון של ״עם ישראל עוד לא נמצא שם (ברמה הרוחנית) ואין לנו סהנדרין וכו׳״ היא בעייני בעייתית מאד, לא סביר בעיניי שיגיע שלב שכלל עם ישראל יבין שמוסרי לנהוג כך ויקבל על עצמו את הדברים. זה הזוי לגמרי ואני חושב שהרב יסכים איתי לגבי התחזית הסבירה הזאת. אם כך אז זה שאולי ההלכה תגבר, זאת סתם אמירה תיאורטית שלא תהיה לה שום משמעות כנראה גם לא בעתיד… אולי צריך שינוי מהותי בהלכה? כזה שלא מתנגש חזיתית עם המוסר?
תודה רבה