וחי בהם

ראשית, גם כשאתה מעמיד ערך מול ערך, לא ברור שערך החיים גובר. הנימוק של "חלל עליו שבת אחת" מניח שהכל משרת את ערך השבת. אמנם שאלתך נכונה גם לפי הטעם הזה, שהרי אם הרגנו את מחלל השבת איבדנו כאן שבתות רבות בעתיד שלו. שנית, גם אם כשמעמידים אותם אז ערך החיים גובר עדיין זה לא אומר שלא נטיל עונש מוות על מחלל שבת. זה עצמו יביא לנו הרבה שמירות שבת של אנשים אחרים וירתיע אנשים (כולל אותו עצמו) מלחלל שבת. ובאמת המשנה במכות אומרת שכמעט לא היו הורגים אנשים בבי"ד, כלומר שמדובר בהרתעה בלבד. על כך עצמו ניתן לומר שנחלל שבת אחת (כלומר נהרוג אדם אחד) כדי שישמרו שבתות הרבה. ראה רמב"ם הל' ממרים פ"ב ה"ד.