תורה והיגיון אישי

לר\' מיכאל שלום!
על היוצא באמצע קריאת התורה קראו חז\"ל את הפסוק \"את דבר ה\' בזה\".
ושמעתי מאחד שזה מדובר על תקופתם שהיה בית כנסת אחד בכל המחוז, משא\"כ בתקופתנו. 
אני מאד מתחבר  להגיון שבדבריו, אבל זה (ודוגמאות נוספות) מביא אותי לשאלה:
עד היכן אני יכול להתייחס לדברי חז\"ל עם ההיגיון שלי? 
ההיגיון שלי אומר ללכת עם ההיגיון שלי, אבל ההיגיון שלי אומר שאם אמשיך ללכת עם ההיגיון שלי, 
כל אנשי הדת שמסביבי יזרקו עלי אבנים.. וזה עושה לי \"פקפוקים\" באמונת הדרך. 
מה דעת הרב בנושא הזה? 
תודה מראש על התשובה.