הצו המוסרי (מצפון) והצו ההלכתי – שני מקורות שונים לחיוב על היהודי

החילוק בין ההלכה למצפון, ושההלכה מחייבת במימד ההלכתי והמצפון שהתוקף שלו מכח היצירה האלוקית. ויתכנו התנגשויות בינהם וצריך לדעת איך בוחרים. וכמו שבעולם ההלכה כשיש שתי הלכות המתנגשות
ומכח זה יש לחלל שבת להציל חיי גוי מאחר והגוי היום הינו \"בן אדם\" בניגוד לימי קדם. מאחר וצו המצפון האלוקי דוחה פירוש של חז\"ל.
מקווה שהבנתי נכון.   
לפי זה קשה, מאחר ועצם ההיתר לחלל שבת להציל חיי יהודי הינו פירוש של חז\"ל, ועוד שג\' חמורות יהרג ובל יעבור גם פירוש של חז\"ל (כי לנו בירור מהחומש בהתנגשות בין ג\' חמורות לחיי אדם)  
אז כיצד מצאנו ידינו ורגלינו בבחירה בין ההלכה לצו המצפון  ?