לגבי שחרור עבדו של רבי אליעזר

שלום הרב,
במסכת ברכות דף מז עמוד ב כתוב:
אמר רבי יהושע בן לוי: תשעה ועבד מצטרפין. מיתיבי: מעשה ברבי אליעזר שנכנס לבית הכנסת ולא מצא עשרה, ושחרר עבדו והשלימו לעשרה; שחרר אין, לא שחרר לא! – תרי אצטריכו, שחרר חד ונפיק בחד. והיכי עביד הכי? והאמר רב יהודה: כל המשחרר עבדו עובר בעשה, שנאמר: לעלם בהם תעבדו! – לדבר מצוה שאני. – מצוה הבאה בעבירה היא! – מצוה דרבים שאני.
חלק מהמפרשים אומרים ששחרור עבד לצורך מצוה או לצורך עצמו לא נאסר. אבל אז קשה למה הגמרא אומרת "מצוה הבאה בעבירה היא". מפרשים אחרים טוענים שמצוות רבים דוחה מצוות יחיד (ואפילו לאו). אבל אז קשה מדוע הדבר לא נפסק להלכה, שהרי אף פוסק לא יתיר לעבור על לאו דאורייתא ליחיד כדי לקיים מצווה דרבנן של רבים (אולי חוץ משחרור עבד כנעני, וגם בזה אני לא בטוח).
איך לדעתך נכון להבין את שלושת השלבים האלו במהלך של הגמרא:

1. לדבר מצוה שאני
2. מצוה הבאה בעבירה היא!
3. מצוה דרבים שאני

בברכה,