מהות המצוות

שלום הרב,
 
רציתי לשאול אותך לגבי מהות מצוות הקב"ה.
 
בגמרא במסכת ברכות לג, ב' כתוב:
 
משנה. האומר על קן צפור יגיעו רחמיך ועל טוב יזכר שמך, מודים מודים – משתקין אותו. 
 
גמרא. בשלמא מודים מודים משתקין אותו – משום דמיחזי כשתי רשויות, ועל טוב יזכר שמך – נמי משמע על הטובה ולא על הרעה, ותנן: חייב אדם לברך על הרעה כשם שמברך על הטובה. אלא, על קן צפור יגיעו רחמיך מאי טעמא? – פליגי בה תרי אמוראי במערבא, רבי יוסי בר אבין ורבי יוסי בר זבידא; חד אמר: מפני שמטיל קנאה במעשה בראשית, וחד אמר: מפני שעושה מדותיו של הקדוש ברוך הוא רחמים, ואינן אלא גזרות. 
 
אבל מצד שני הרמב"ם כותב בהלכות שבת:
 
כשעושים דברים אלו (חילול שבת לצורך פיקוח נפש או ספק פיקוח נפש), אין עושין אותן לא על ידי גויים, ולא על ידי קטנים, ולא על ידי עבדים, ולא על ידי נשים–כדי שלא תהא שבת קלה בעיניהם; אלא על ידי גדולי ישראל וחכמיהם.  ואין מורין לנשים לעשות דברים אלו.  ואסור להתמהמה בחילול שבת, לחולה שיש בו סכנה, שנאמר "אשר יעשה אותם האדם וחי בהם" (ויקרא יח,ה), ולא שימות בהם.  הא למדת, שאין משפטי התורה נקמה בעולם,אלא רחמים וחסד ושלום בעולם.  ואלו המינים שאומרים שזה חילול ואסור, עליהן הכתוב אומר "וגם אני נתתי להם, חוקים לא טובים; ומשפטים–לא יחיו, בהם" (יחזקאל כ,כה).
 
איך ניתן ליישב את הסתירה, ומעבר לזה, מה התשובה האמיתית לגבי המצוות (או לפחות חלקן)? האם הן גזרות? או רחמים וחסד ושלום בעולם?