מוסר התורה

שלום הרב מיכי, אולי זו שאלה גנרית ואני מניח שעסקת בזה כבר לא מעט אך אודה לך מאוד אם תענה לי במילים פשוטות או תכוון אותי למקומות בהם כתבת עליהם.
השאלה הוא איך אתה מסביר את כל הדברים המזעזעים מבחינה מוסרית בתורה, כמו עונש מוות למשכב זכר, רצח עם של שבעת העמים אנשים נשים וטף ועוד רבות. איך זו לא סתירה לתורה משמיים? אם אלוהים הכל יכול הטוב והמטיב מקור כל הטוב כתב אותו היית מצפה לתורה שכולה הכלה, פלורליזם, סובלנות, עשיית טוב ולא רצח על חלקת אדמה וכל מיני דברים שאגב בבירור מראים שהיא נכתבה בתקופה מסויימת בה (ולכן לכאורה גם מוכיחה שהיא נכתבה בידי אנשים)
אם מורה דרך או בן אדם חשוב היה אומר את אותם הוראות הרי היית בורח ממנו ומנתק קשר וחושב אותו לאיש שטני ורע. איך זה שונה?
תודה מראש