מחלוקות במשנה כנגד הלכה קדומה

בס"ד
שלום לכבוד הרב,
רציתי לשאול את הרב שאלה בעניין התושב"ע – כיצד נוצרו מחלקות במסורת ובחז"ל.
תמיד הבנתי שהמחלוקות נוצרו כאשר לא הייתה מסורת מפורשת כיצד לנהוג, או שכאשר עלה ספק חדש שלא נידון קודם לכן. כך משתמע ממשנה מפורשת במסכת סנהדרין (יא,ב). שם רואים שכאשר קיימת לנו עדות כיצד נוהגת ההלכה אז הולכים על פיה – "…באים לזה שעל פתח העזרה, ואומר כך דרשתי וכך דרשו לי חבריי, כך לימדתי וכך לימדו לי חבריי.  אם שמעו, אמרו להן; ואם לאו, אלו ואלו באים לבית דין הגדול שבלשכת הגזית".
יוצאים מדברים אלו שהמחלוקות יכולה להיווצר רק בדבר שאין בו מסורת ועדות מפורשת כיצד נהוגה ההלכה.
כך אנו רואים גם שנקטו התנאים כהלכה למעשה, כפי שמובא במסכת עדויות (א,ג) שהייתה מחלוקות בין הלל לשמאי בשיעור המים השאובין שפוסלים את המקוה. עד שבאו שְׁנֵי גַרְדִּיִּים מִשַּׁעַר הָאַשְׁפּוֹת שֶׁבִּירוּשָׁלַיִם וְהֵעִידוּ מִשּׁוּם שְׁמַעְיָה וְאַבְטַלְיוֹן, שְׁלֹשֶׁת לֻגִּין מַיִם שְׁאוּבִין פּוֹסְלִין אֶת הַמִּקְוֶה, וְקִיְּמוּ חֲכָמִים אֶת דִּבְרֵיהֶם. (ומשנה אח"כ מוזכר שהם לא עמדו על דבריהם וקיבלו את העדות).
יוצא מכל אלו שכאשר קיימת לנו מסורת ברורה להלכה אז לא חולקים עליה.
 
אך נתקלתי בכמה וכמה מקרים שאני לא רואה להסביר כיצד ייתכן שחלקו בהלכה שהיא כגופי התורה ולא סביר כלל וכלל לתלות ששכחו את המסורת שבדבר.
למשל במכות (ג,י) קיימת לנו הלכה מקובלת שמלקים ל"ט מלקות אך ר' יהודה שם חולק ואומר שמלקים ארבעים מלקות.
במסכת סנהדרין (א,ו) ר' יהודה חולק על מניין הסנהדרין וטוען שסנהדרין הייתה של שבעים ולא שבעים ואחד.
בתרומה (ג,ג) חולק ר' אליעזר וסובר שתמורת אשם וכו' ימותו, כנגד הכלל שנמסר בגמ' (גמירי לה) שבכל שבחטאת מיתה באשם רועה (בבלי תמורה י"ח).
בברכות (א,ג) נחלקו האם צריך לקרוא את שמע בערב בהטיה ובבוקר בעמידה. (ולא סביר לתלות שזהו היה דרך העולם כי ראינו את מעשה דר' טרפון שהטה לקרוא כדברי בית שמאי).
 
יתירה מכך ראיתי משנה שיכולה לשמש כדוג' נפלאה להראות מחלוקת בעלת נפק"מ ענקית כאשר באותה משנה עצמה נמסרה עדות כיצד נעשה בביהמ"ק.
בפסחים (ז,א) אנו מוצאים מחלוקת בין ר' עקיבא לר' יוסי הגלילי כיצד צולים את קורבן הפסח. חשוב להדגיש שהתנאים הללו חיו בתקופת ביהמ"ק והקריבו בזמנם את קורבן הפסח.
"כיצד צולין את הפסח:  שפוד של רימון, תוחבו מתוך פיו ועד לבית נקובתו; ונותן את כרעיו ואת בני מעיו לתוכו, דברי רבי יוסי הגלילי.  רבי עקיבה אומר, כמין בישול הוא זה, אלא תולן חוצה לו. אין צולין את הפסח לא בשפוד….אמר רבי צדוק, מעשה ברבן גמליאל שאמר לטבי עבדו, צא צלה לנו את הפסח על האסכלה." וגו'
אנו נתקלים פה במחלוקת משמעותית כיצד צריך לצלות את כרעי ומעיי קורבן הפסח האם בתוך הקורבן או בהמשך השיפוד. מה שמעניין במשנה הזאת היא שאנו רואים ששני התנאים הללו בוודאי לא נחלקו על דין ההלכה שחייב שקורבן הפסח יהיה צלוי ולא מובשל. ואף אין אנו רואים שנחלקו בכך שהצלייה צריכה להתבצע דווקא בשיפוד מעץ רימון (שהוא יבש). בהמשך המשנה אנו רואים שר' צדוק העיד כיצד רבן גמליאל נהג בצליית הפסח על האסכלה.!
אם כך, אשמח לדעת כיצד יכול להיות שחכמים נחלקו בדין שבוודאי היה מסורת כיצד לנהוג אותו? וכיצד נוצרה המחלוקת?
חשבתי לתרץ שאותם דעות יחיד שאנו רואים שנחלקו בהלכה המקובלת בזמנם רצו לדרוש מחדש את הכתובים כנגד ההלכה המקובלת. אך קשה לי, כי אם המסורת אומרת שזו הדרך הנכונה, כיצד מגיע אותו חכם ורוצה לחדש כנגד דרך התורה?! למשל (בדוג' האחרונה) אם המסורת המקובלת היא שצולים את מעיי הפסח בתוך הפסח, כיצד יכול להגיע מישהו ולטעון שיש בזה בישול? הרי הקב"ה במפורש אישר זאת… (שאין זה בגדר בישול).
אשמח למענה או להפניה למקום שמרחיב כיצד נוצרו המחלוקות בדיני התורה כנגד המסורת המקובלת. לדוגמא: כיצד נהגו עד לימי ר' יהודה בעניין מניין הסנהדרין… וכיצד התנא השני חולק על המסורת.
סליחה על האריכות.
בברכה,
י' ויצמן.