ענישה בהלכה

לרב מיכאל שלום רב! 
באחד משיעוריך דיברת על שני סוגי סמכות מהותית ופורמלית ולדבריך לא ניתן לחייב אדם לקבל סמכות פורמלית. ואם מדובר במהותית הרי ממילא כבר השתכנע. שאלתי א\\\\\\\"כ  כיצד ניתן להעניש בסקילה מחלל שבת וכיוצ\\\\\\\"ב שהרי אם אינו מאמין באל או בשבת וכדו\\\\\\\' מה שייך להענישו?(וכידוע אכן רמ\\\\\\\"מ מנדלסון התנגד לעונשין על בסיס דת ואמונה) שמא י\\\\\\\"ל שהשבת ובכלל כל החוקים שבתורה שהם דתיים ולא מכוונים לזולת  ישירות בכ\\\\\\\"ז יש בהם עבירה שנידונה כעבירה פלילית(ולא דתית כי כאמור דת ואמונות ודעות אינה עניין שניתן לכפות) כמי שגנב או רצח וכדו\\\\\\\' כך המחלל שבת מסכן את החברה חברתית ורוחנית ואת \\\\\\\"שלום הציבור\\\\\\\" הישראלי. והוא הדין זקן ממרא שבסך הכל מורא נגד קביעת הסנהדרין ובכך מסכן את התורה ואת הבסיס החברתי התקין (כמדומני שכ\\\\\\\"כ הרמב\\\\\\\"ם במו\\\\\\\"נ)  
אודך אם תוכל להנהיר דבריך
 וענותך תרבני ביקר נהוראי