שכר ועונש בעוה"ז, תפילות, נבואה, ניסים

שלום רב,
אני יודע שאתה עוסק בנושאים אלו, ורציתי לדעת מה דעתך על הרעיון הבא (אני מצטער על האריכות):
 
התורה מבטיחה במפורש השפעה בעולם הזה לגבי תפילות, שכר ועונש, וכמובן תופעת הנבואה, כמו כן ניסים גלויים (כמו קריעת ים סוף).
בזמננו אנחנו לא מכירים תופעות אלה. ההנחה היא שבזמן התנ"ך הן אכן קרו. לא ידוע לנו מתי כל תופעה פסקה, אם כי לגבי נבואה זה די ברור.
השאלה היא, אם היה שינוי כזה, מהי סיבתו. ועל כך אני רוצה להעלות רעיון.
 
נתחיל בתקופה שבה התופעות כן קרו.
נשאל – האם אז באמת כל פעם שעם ישראל חטא הגשמים נעצרו? תמיד הקב"ה שמע מייד לזעקת העשוק? הנביאים תמיד התנבאו בסגנון ברור ותמיד נבואותיהם התקיימו מייד?
ברור שלא, כי אחרת כל הגויים היו מתגיירים, עם ישראל לא היה מעיז לחטוא – זה פשוט לא היה כדאי, והאמונה בקב"ה היתה ללא בחירה.
אז ברור לנו שמצד אחד הקב"ה רצה שהתופעות הללו יקרו, מסיבות ברורות, ומצד שני ברור שזה לא יכול להתקיים באופן גורף, כי אחרת לא תהיה בחירה.
לכן נראה שגם בתקופת התנ"ך אמנם הדברים התקיימו, אך לא באופן גורף. חלק מהתופעות, גם במקורן מעורפלות:  מה נחשב "אם שמוע תשמעו", על איזו תקופה בדיוק נאמרו נבואות מסוימות וכו'. ובכל זאת, ברור לנו שהן התקיימו ברמה מסוימת בתקופת התנ"ך, שלא כמו מה שאנו רואים בימינו. אז איך בכל זאת היתה בחירה בזמנם? כי אנשים לא חיו סטטיסטיקה ולא תיעדו נתונים, לא ערכו השוואה מדויקת מתי ירד גשם ומתי לא ומה היתה התנהגות עם ישראל בשנים השונות. מי נפטר צעיר ומי מבוגר, מי עבר על כריתות ומי לא. עד כמה התקיימו נבואות הנביאים, מול תופעות אחרות כמו אוב ידעוני או נביאי אומות העולם. מה היו הניסים אצלנו לעומת מופתים שסיפרו מידי פעם גם באומות אחרות וכו'. 
כך הקב"ה היה יכול לפעול ברמה מסוימת (אמנם לא מוחלטת), ובכל זאת להשאיר חופש בחירה.
לעומת זאת, כשהאנושות קיבלה (בהדרגה) הסתכלות מדעית יותר על העולם, התחילו לחקור ולתעד תופעות ולקשר ביניהן לבין גורמיהן – הקב"ה כבר לא יכול לפעול כך, כי כל פעולה כזאת, שחורגת מהסטטיסטיקה, תהיה "נס גלוי" שיבטל את הבחירה החופשית.
נחזור לשאלה מתי תופעות אלו הפסיקו. לגבי רובן אין לנו מידע. לגבי נבואה מדובר סביב המאה ה-6 לפנה"ס (חגי זכריה ומלאכי). זוהי תקופתו של תאלס, ראשון חכמי יוון, כמאתיים שנה לפני אריסטו.
נוכל אם כן לומר שעליית ההסתכלות המדעית ביטלה את התופעות הללו.
 
אשמח לשמוע את דעתך.