תורה שבע"פ

שלום הרב,
לאחרונה אני חווה קשיים באמונה, ובפרט באמונה בתורה שבעל פה, לנוכח הסתירות והפערים שאני מזהה בין התורה שבכתב לבין התורה שבעל פה.
שאלתי היא כזאת: כיצד ייתכן שמתוארות אצל חז"ל מצוות רבות המוגדרות כ"הלכה למשה מסיני", בעוד שאיננו פוגשים אותן כלל בתורה שבכתב?
למשל, מצוות תפילין. כיצד ייתכן שחז"ל מפרטים לפרטי פרטים—לדקדוקי דקדוקים—כיצד יש להניח תפילין: באיזה צבע, באיזה אורך, אילו פרשיות יש לשים בתוכן וכדומה, בעוד שבתורה שבכתב איננו פוגשים תיאור מפורש של מצווה זו כלל?
אמנם נכון שבספר שמות י"ג וכן בספר דברים (פרק ו' ופרק י"א) נאמר "והיו לאות על ידך ולתוטפות בין עיניך", אך כלל לא מסתבר מן הכתובים שמדובר בתפילין כפי שאנו מכירים מחז"ל. ייתכן יותר שמדובר בלשון מליצית—במשל או במטאפורה—הקוראת לזכור רעיון מסוים או לפעול לאורו: "על ידך" כמעשים, ו"בין עיניך" כתודעה ומחשבה.
יתר על כן, לא נראה מן המקרא שבני ישראל הניחו תפילין בפועל לאורך תקופת המקרא. היינו מצפים למצוא תיאורים של קיום מצווה זו, אילו אכן הייתה נהוגה בפועל.
אם כן, כיצד ניתן להבין את הפער הזה? והאם אין בכך קושי מהותי ביחס לטענה שמדובר במסורת רציפה מסיני?
וכמובן, שאלה זו נוגעת גם למצוות נוספות המיוחסות לחז"ל.