ברית מילה הבאה בעבירה

המשנה בשבת דף קלז. כותבת שמי שהיו לו שתי תינוקות למול, אחד למול בע"ש ואחד למול בשבת ושכח ומל את של ע"ש בשבת רבי אליעזר מחייב חטאת ורבי יהושע פוטר (לפי דעה אחרת בגמ', גם ר"א מודה שפטור במקרה כזה).
הגמ' אומרת שסיבת הפטור מקרבן חטאת במקרה כזה היא שהוא אמנם עבר על איסור מילה בשבת, אך סוף סוף עשה מצווה (כי התינוק של ע"ש כבר הגיע זמנו למול) ולכן פטור מקרבן.
שאלתי היא – הרי הוא עשה מצווה הבאה בעבירה, והעושה מצווה הבאה בעבירה נחשב כאילו לא קיים את המצווה, מדוע אם כן הגמ' רואה בו כמי שקיים מצווה בפעולתו?