האם חז"ל משנים בכוונה מכוונת התורה?

בכמה דברים, בעיקר בתחום של דיני נפשות, חז"ל הפכו את ציווי התורה לתיאורטיים לחלוטין – בן סורר ומורה ועיר הנידחת (לפי דעה אחת) לא היו ולא יהיו, צורך בהתראה תוך כדי דיבור (ועוד) בשביל לענוש הופכת ענישה לבלתי אפשרית כמעט, והודאת האדם עצמו גם נפסלת (אין אדם משים עצמו רשע) כך שבכלל לא יהיה אפשר להעניש, ועוד. לפי חז"ל כל הדברים האלה נכתבו בשביל "דרוש וקבל שכר". זה משכנע אותך? בשביל לטעון שהתורה נותנת כל כך הרבה ציווים תיאורטיים לחלוטין (או כמעט לחלוטין) נדרשות ראיות חזקות מאוד, והלימודים של חז"ל מהפסוקים ממש לא משכנעים. זה פשוט בלתי סביר בעליל. 
למשל רבי יהודה אומר שבן סורר ומורה צריך שאמו שווה לאביו בקול ובמראה ובקומה, הוא לומד את זה מכך שכתוב "בקולנו" (חד קול משמע), ואם הקול צריך להיוץ שווה גם המראה והקומה צריכים להיות שווים. ????
מכל אלה נראה שחז"ל עצמם במודע שינו מכוונת התורה והפכו את דיני העונשים לתיאורטיים כי הם לא אהבו אותם.
זה גם מה שמשמע מתנורו של עכנאי, שבת קול בעצמה אומרת מה הקב"ה התכוון וחכמים פוסקים אחרת. אם יש להם ידיעה בלתי אמצעית שזו כוונת התורה אז למה הם לא פוסקים כך? הם לא רוצים לכוון לאמת?.
העניין הזה מטריד אותי כבר הרבה זמן אז אשמח להתייחסות של הרב (או הפנייה אם כבר התייחסת). האם הרב מסכים איתי שחז"ל במקרים רבים לא מכוונים לאמת התורנית ועושים מה שנראה להם? ואם לא, איך הרב רואה את פני הדברים?