מהות הספירה – תרי"ג מצוות

https://mikyab.net/%D7%9B%D7%AA%D7%91%D7%99%D7%9D/%D7%9E%D7%90%D7%9E%D7%A8%D7%99%D7%9D/%D7%9B%D7%9C%D7%9C%D7%99-%D7%9E%D7%A0%D7%99%D7%99%D7%AA-%D7%94%D7%9E%D7%A6%D7%95%D7%95%D7%AA-%D7%A9%D7%9C-%D7%94%D7%A8%D7%9E%D7%91%D7%9D

תודה רבה על ההפניה למאמר. קראתי, אבל לא בטוח שהבנתי.
אתן דוגמא:
– נניח שמנין המצוות הוא 3.
– ונניח שהמצוות הן הנחת תפילין, וציצית עם פתיל תכלת (בבגד עם ארבע כנפות).
– יוצא שפוסק אחד ימנה ציצית מצווה אחת, ותפילין של ראש שתיים, ותפילין של יד, שלוש.
פוסק אחר ימנה, תפילין (ראש ויד)מצווה אחת, ויאלץ לומר שציצית שתיים ופתיל תכלת בציצית שלוש.

עדיין לא הבנתי במה זה שונה ממצווה שלא תכנס למניין תרי"ג? גם מהבחינה המהותית/ תיאורטית וגם מבחינת הלכה למעשה?

לא מבין את השאלה. כתבתי שם שיש שורשים שעניינם מיון ויש שורשים שעוסקים בתוקף. דיברתי גם על הנפ"מ של מניין המצוות.