זמן ר"ת

שלום כבוד הרב,
רציתי לשאול האם לדעתך יש עניין להוציא את השבת בזמן צאה"כ של רבינו תם.
הרב עובדיה זצ"ל, סובר שכיון שכך פסק המחבר בשו"ע, וכן סוברים הרבה ראשונים, ממילא ראוי לכל ירא שמיים שיחמיר בכך, מה גם שאנו רואים שאין חושך מוחלט בזמן צאה"כ שלפי הגאונים, וזה מחזק את דעת ר"ת בכך שיש שתי שקיעות.
וקשה לי, שהרי תינוק שנולד בליל שבת בזמן צאה"כ של הגאונים, כו"ע מודים, ובכללם הרב עובדיה, שנמול אותו בשבת, למרות שיש כאן ספק איסור דאורייתא לשיטת ר"ת (דלדעתו התינוק נולד ביום שישי). וכיצד ננהג לחומרא בדבר שאנו נוהגים כמותו לקולא באיסורים דאורייתא, או לחילופין מדוע לא נדחה את המילה בשל טענה זו?האם זו לא ראיה מוחצת לכך שנדחתה שיטת ר"ת מהלכה לגמרי?
כמו"כ הרב עובדיה זצ"ל טוען שאין לומר שהדעה הזו נכונה רק בחו"ל, שהרי המחבר היה גר בא"י, ומכאן מוכח שכך פסק גם בארץ, וכיון שהיה מרא דארעא דא"י ראוי להחמיר כמותו.
וקשה לי על כך, דא"כ כיצד נוהגים היום כל עמא דארעא והת"ח דלא כפסקו של מרן המחבר אם הוא היה בזמנם פוסק הדור? אני מניח כמובן שזה לא התחיל מהדורות האחרונים שאחרי המחבר. (ואותה קושיא אגב קשה לי לגבי תפילין דר"ת, וכי מה נהגו עד אז? כיצד היו מסודרים הפרשיות של כל הדורות לפניהם? ואכמ"ל).
אשמח לשמוע את דעתך בעניין.