התקופה שלאחר מתן תורה

שלום הרב מיכאל! 
קשה לי להאמין מציאותית שבתקופת המדבר וככלל כל התקופה של אחרי מתן תורה עד ימות הנביאים לא היה חילול שבת בפרהסיא – ואני אסביר את עצמי. 
לכאורה בהבנת סיפור המקושש בצורה הקלאסית שלו, נראה שהמקושש היה המחלל שבת בפרהסיא היחיד בעם ישראל, אך אני מתקשה להאמין למציאות כזאת. אני מבין את הטענה שהטריות של מתן תורה עזרה לעם ישראל לשמור יותר מצוות, אך נשמע לי בלתי סביר שבאמת עם ישראל כולו שמר מצוות. בגלל מרכזיותה של מצוות השבת בתורה, אז אני יכול יותר להבין את זה, אך בלתי מתקבל על הדעת שבתקופת המדבר לא היה שום גנבות, רציחות, שחיתויות, בגידות, איסורי עריות, שוחד ועוד שאר עבירות חמורות. אמנם העולם השתנה בשלושת אלפים השנים האחרונות, אבל לא נראלי שבצורה כל כך דרסטית עד בכדי מצב שאנשים שמרו על כל המצוות.
אם כן וההנחה שהרגע כתבתי נכונה ובאמת אנשים לא היו שומרים על כל המצוות כבר פעם, אז מה הייתה ההגדרה של אותם אנשים? מה החידוש של מהפכת החילון שהייתה במאה ה-17? כלומר, גם ככה לכל אורך ההיסטוריה היו מחללי שבת ועוברי עבירה. 
בנוסף לכך, הייתי שמח אם הרב יוכל לברר לי ספק שיש לי. אני חושב שאין לאף אחד סמכות בדורנו להגדיר מי דתי ומי חילוני. אני אסביר, אין בעיה שמנהיג של קבוצה מסוימת שהוא פתח יבחר הגדרות מסוימות שמי שלא עומד בהם – אז הוא לא יכול להיות חלק מהקבוצה, לדוג' – אני אקים יישוב בדרום הארץ ויקבע שמי שלא הולך עם חיגא'ב לא יכול להיות חלק מהיישוב, אך בנתינת התורה אף אחד לא נתן לנו סמכות להחליט מי נחשב כדתי ומי לא נחשב כדתי. מי נתן לנו את הסמכות לקבוע מה דינו של אדם אחר? אני מבין שהרמב"ם קבע על אנשים מסומים שהם כפרו בעיקר ויצאו מכלל ישראל, אך מה זה אומר לגביהם? שהם כבר לא יהודים? הם שווים פחות ממני?
בנוסף, הייתי רוצה לדעת האם הרב חושב שבימות התנ"ך היה הוו"א לנביאים להרוג אנשים על חילול שבת? כלומר, יש הרבה מקרים בנביא שהנביאים נותנים שיחות מוסר לעם, אך לא עלה בדעתם אף פעם להרוג מישהו! לא מתואר שום מצב כזה {לפי מה שאני מכיר}.
אודה לרב אם יוכל להתייחס למה שכתבתי, למרות הפיזור הרב בדבריי. תודה רבה!