סידור המסכתות בש"ס

הרמב"ם מסביר את ההגיון של סידור המסכתות בש"ס כך שבאופן עקרוני זה על פי סדר הופעתן של המצוות בתורה אלא אם יש סיבה מיוחדת, למשל יבמות מופיעה ראשונה בסדר נשים כי יבום אתה חייב או חלוץ או יבם ואפשר לכפות על האדם כך אבל נישואין אי אפשר לכפות על האדם ולכן ראוי שדבר שחייבים בו יקדם לדבר שיש בו מעין "צד רשות"(כך הם בערך דברי הרמב"ם). אני לא מבין הרי גם השם יודע שיש טעם לסדר הצוות בתורה בסדר מסוים אבל בכל זאת הוא בחר לשים את מצוות יבום כמעט בסוף התורה- אז מדוע רבי בכל זאת לא נצמד "להגיון האלוקי" בתורה ומפתח סוג של סדר בעל תבנית לוגית שונה?