המתנה על מה שכתוב בתורה

שאלה שמציקה לי זמן רב – 
כידוע הלכה כר"י שהמתנה על מה שכתוב בתורה – בדבר שבממון תנאו קיים.
כלומר, להלכה כמעט כל הסעיפים בחושן משפט הם דיספוזיטיביים ולא קוגנטיים.
כמובם שבכל מערכת משפט שהיא ישנם הוראות קוגנטיות והוראות דיספוזיטיביות שהם בגדר ברירת מחדל בלבד,
אך בענייננו קשה מאד לקבל זאת –

1. ההיקף – אין אף מערכת משפט שקובעת שכל ההוראות הנוגעות לדיני ממונות הם דיספוזיטיביות.
2. מהותית – אם התורה איננה ספר חוקים רגיל אנושי אלא מטרתה היא "חול השפע האלהי באומתנו" (כלשון הר"ן בדרשותיו) אז הייתי מצפה שרובם ככולם של הוראותיה תהיינה מוחלטות ללא אפשרות התנאה. איזה משמעות יש לדיני הממונות שבתורה אם הם בגדר המלצה / ברירת מחדל בלבד? אם ברירת המחדל היא בכל זאת יותר "מומלצת" מהאחרות מדוע ניתנה האפשרות להחיל מערכת יחסים? ואם היא לא מומלצת יותר מאחרות אז איפה הערך שבה?

(אני מכיר את ההסברים של חלק מהאחרונים לפיהם דין התורה כן חל על הצדדים אלא שכל צד מוחל על זכותו וכד', אך אין זה פותר את הקושי המהותי)