היחס בין שלוש עשרה מידות לבין כלל לימודי חז"ל

שלום,
כידוע, רוב רובם של לימודי חז"ל הפסוקים המופיעים אצלנו, אינם משתמשים בשלוש עשרה מידות (לפחות לא באופן ברור), נראה שאלו לימודים "חופשיים" יותר, שאינם מצייתים לאי אילו כללים מנוסחים.
רציתי לשאול מה לדעתך היחס בין כלל הלימודים לבין הפורמליזציה של המידות?
האם מי שידע להשתמש במידות יסגל לעצמו צורת מחשבה שתאפשר לו ללמוד כמו חז"ל גם באופן חופשי יותר? (אז הוא יוכל "לזרוק את הסולם")
האם ניתן לתת גם לשאר הלימודים תבנית פורמלית?

תודה.