עמלק

שלום וברכה!
מה ההבדל בין היחס שלנו לעמלק לבין להבדיל תורת הגזע?
כששאלתי זאת מס' רבנים הם טענו שלפי הרמב"ם יש להם בחירה, ואם הם עושים עמנו שלום אין סיבה לפגוע בהם ולכן זה לא דומה לתורת הגזע, אך לדעתי אין להתעלם מכך שלפחות לשיטת רש"י (בפרשת כי תצא כמדומני) ולדעת ר"א במכילתא לא כך הם הדברים.
אם כך מה אשם עמלקי בן ימינו (אם ישנו) בכך שאבות אבותיו נלמדו בנו? כל התורות החסידיות על כך שהם יסוד הרשע וכו' ממש מזכירות לי את תורת הגזע.